Ja, det kan det godt. I begyndelsen kan det dog lugte lidt sødligt, hvis der (også) er tale om gæring. Jeg har oplevet sådan en sødlig lugt opstå og så forsvinde igen, fordi der sikkert bare var tale om en 'lokal' bakterieinfektion, så med mindre det er sådan at du får lyst til at brække dig når du lugter til det kan du jo lade det stå.
Men som sagt, dine glas skulle helst ikke lugte af andet end kogt rug, og senere den dejlige mycelieduft. Hvis du har problemer med bakterier og du steriliserer rugen så meget som du skriver, så skyldes problemet sandsynligvis at der kommer for meget vand til. Det er ikke den eneste mulige årsag.
For at finde ud af præcis hvor meget vand der er optimalt så gør som anbefalet på denne link:
http://www.fungifun.org/English/Grain-For-Simple-MindsTag fx fem forskellige glas med 100g rug i hver. Tilsæt så 100g vand til det første, 105, 110, 115, 120g vand til de næste glas. (eller 50g rug til 52,5g, 55g.... vand, osv.) Tryksteriliser, og se på resultatet. Der er nogle billeder på hjemmesiden af, hvordan rugen helst skal se ud. Hvis du allerede ved hvor meget vand du har hældt i dine nuværende glas og du bruger den samme slags rug behøver du selvfølgelig ikke gennemføre eksperimentet, men prøv at hælde lidt mindre i. En smule vermiculite på bunden kan opsuge det værste overskydende vand og holde det på sikker afstand af grynene.
Det nemmeste er selvfølgelig at holde sig til kager. Der er det en sjældenhed at opleve bakterieinfektion i inkubationsfasen.

Held og lykke!